日本物理和化学研究所（RIKEN）是日本最大的综合性研究机构，负责多元化高质量科学领域研究。今天，它是世界级的研究中心和机构网络。
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日本物理和化学研究所_日本政府网站
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日本果树科学研究所（National Institute of Fruit Tree Science,Japan）负责研究日本育种和新品种,收集和引进果树,分析和提高水果生产,培训农民未来果树计划
日本科学技术振兴机构（Japan Science and Technology Agency）是日本一家负责开发新技术,发展工业,促进区域研究活动,促进科学交流的机构
日本同步辐射研究院（Japan Synchrotron Radiation Research Institute）是日本一家负责研究世界上最强大的第三代同步辐射装置,开展材料科学,地球科学,生命科学和医学的研究机构
日本放射线医学综合研究所（National Institute of Radiological Science,NIRS）是一家日本辐射研究所。它于1957年作为日本仅有一所放射科学校而成立。它拥有各种离子加速器,以研究对人体辐射和辐射医疗用途